Tarixi faktlara əsasən İmam Musa Kazim zil-qədə ayının ortalarında (bəzi rəvayətlərdə 15 bəzisində isə 17 zil-qədə deyilir) Harun ər-Rəşid tərəfindən zindana atıldı.

İmam iki dəfə həbs olunaraq zindana atılıb. Birincinin zamanı məlum deyil. Lakin ikinci zindan 179-183 hicri illəri ərzində olub.

Hicri təqvimi ilə 179-cu il, həzrət İmam Musa Kazım (ə) zalım Harun Ər-Rəşidin göstərişi ilə Mədinədə həbs olunub və sonra Bəsrəyə sürgün olundu.

O həzrət (ə), 179-cu il, zi-hiccə ayında Bəsrə şəhərinə daxil oldu və zindana göndərildi.

İmam, Bəsrə hakimi İsa ibn Cəfərin zindanında bir müddət qaldı. O, Haruna məktub yazıb istədi ki, İmamı başqa birinə tapşırsın.

Harun da İmamı Bağdada sürgün edib öz vəziri Fəzl ibn Rəbidən istədi ki, o həzrəti şəhadətə çatdırsın. Amma o, qəbul etmədi.

Rəvayətə görə Fəzl imamla yaxşı rəftar etdiyinə görə Harun onu cəzalandırdı və onu şiddətli şəkildə döydürdü.

Nəhayət İmam Kazım (ə) Bağdadın qara çuxurlu zindanlarında yəhudi Sindi ibn Şahik vasitəsi ilə zəhərləndi. Beləliklə də son dərəcə qərib və məzlumcasına şəhadətə çatdı .

Zalım zindanban Sindi imamın nəşini Bağdadda körpülərin birinin üzərində buraxır və imamın güya həbsdən azad edildikdən sonra öz əcəli ilə vəfat etdiyini şayiə kimi yayır.

Bu zaman sabiq Abbasi xəlifəsi Mənsur Dəvaniqinin oğlu Suleyman bin Cəfər bin Mənsur Dəvaniqi imamın nəşi ilə belə nalayiq rəftara dözmür və onun dəfn və kəfnini layiqli şəkildə öhdəsinə götürür.

O və imamın tərəfdarları mübarək nəşi Bağdadın Qureyş qəbirsanlığında (hazırda Kazimeyn rayonu) dəfn edirlər.

Abbas Qummi Muntəhəl-Amal əsərində yazır ki imamın nəşi Sindi tərəfindən körpü üstünə qoyulmuşdu. İmamı zəhərləyən Bağdadın zindan rəisi Sendi ibn Şahik də daha sonra elə həmin körpüdən Dəclə çayına düşərək boğulmuşdu.